NHANES 資料集建置
從 NHANES 網站 下載時,NHANES 資料集僅提供為個別的 .XPT 檔案,這是 SAS 的原生格式。所幸我們可以使用 haven 套件。
讓我們把 NHANES 的人口統計(Demographics)、病史(Medical Conditions)以及身體測量(Body Measures)這 3 個資料集結合起來。這些資料以原始 .XPT 格式提供,並可透過 DEMO_file、MCQ_file、BMX_file 這三個變數存取。請用變數 SEQN 將 3 個資料集合併。使用 Reduce() 是個不錯的方法,它能以便利的方式把元素合併。
提供給你的合併程式碼會執行以下動作:
- 建立由 3 個資料集(
nhanes_demo、nhanes_medical、nhanes_bodymeasures)組成的清單。 - 在
Reduce()中使用自訂函式,利用"SEQN"變數對 3 個資料集做 inner join。 - 把結果儲存為
nhanes_combined資料集。
本練習屬於課程
R 的實驗設計
練習說明
- 載入
haven套件。 - 以 3 次分別呼叫
read_xpt()匯入三個資料檔,這三次呼叫的輸入分別為DEMO_file、MCQ_file、BMX_file,並各自儲存為nhanes_demo、nhanes_medical、nhanes_bodymeasures資料集。 - 使用提供的程式碼,將你剛匯入的 3 個資料集合併為
nhanes_combined。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Load haven
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# Import the three datasets using read_xpt()
nhanes_demo <- read_xpt(DEMO_file)
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___
# Merge the 3 datasets you just created to create nhanes_combined
nhanes_combined <- list(nhanes_demo, nhanes_medical, nhanes_bodymeasures) %>%
Reduce(function(df1, df2) inner_join(df1, df2, by = "SEQN"), .)