Кілька ланцюгів

Графіки траєкторій (trace plots) допомагають діагностувати якість моделювання ланцюга Маркова. «Хороший» ланцюг Маркова має бути стабільним зі зростанням довжини ланцюга та послідовним у повторних моделюваннях, тобто за наявності кількох ланцюгів. Ви використаєте RJAGS, щоб запустити та побудувати графіки траєкторій для чотирьох паралельних ланцюгів нижче. Визначена модель sleep_model уже є у вашому робочому середовищі.

Ця вправа є частиною курсу

Баєсівське моделювання з RJAGS

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Використайте jags.model(), щоб СКОМПІЛЮВАТИ sleep_model та ініціалізувати 4 паралельні ланцюги. Збережіть результат у об'єкті jags з назвою sleep_jags_multi.
ЗІМІТУЙТЕ вибірку з 1 000 вибірок із апріорної моделі m та s. Збережіть цей mcmc.list у sleep_sim_multi.
Перегляньте head() об'єкта sleep_sim_multi. Зверніть увагу на 4 елементи списку, що містять 4 паралельні ланцюги.
Використайте plot(), щоб побудувати графіки траєкторій для кількох ланцюгів. Приберіть графіки щільності.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# COMPILE the model
sleep_jags_multi <- jags.model(textConnection(sleep_model), data = list(Y = sleep_study$diff_3), ___)   

# SIMULATE the posterior    
sleep_sim_multi <- coda.samples(model = ___, variable.names = c("m", "s"), n.iter = ___)

# Check out the head of sleep_sim_multi


# Construct trace plots of the m and s chains

Редагувати та запускати код