Графіки щільності для марковських ланцюгів
Трасувальний графік показує поздовжню динаміку марковського ланцюга, тоді як графік щільності ілюструє підсумковий розподіл значень ланцюга. Відповідно, графік щільності дає наближення апостеріорної моделі. Ви побудуєте та розглянете графіки щільності для марковського ланцюга \(m\) нижче. Об'єкти mcmc.list sleep_sim та датафрейм sleep_chains вже є у вашому робочому середовищі:
sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)
Ця вправа є частиною курсу
Баєсівське моделювання з RJAGS
Інструкції до вправи
Застосуйте
plot()доsleep_simзtrace = FALSE, щоб побудувати графіки щільності для ланцюгів \(m\) і \(s\).Застосуйте
ggplot()доsleep_chains, щоб повторно побудувати графік щільності для ланцюга \(m\).
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Use plot() to construct density plots of the m and s chains
# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) +
___()