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효모 게놈 부분 선택하기

게놈은 보통 매우 크지만, 실제로는 특정 구간에만 관심이 있는 경우가 많아요. 따라서 게놈에서 필요한 부분만 추출해 부분 집합을 만들어야 합니다. 서열 구간을 선택하려면 getSeq()를 사용하고, 염색체 이름과 서열 구간의 시작과 끝을 지정하세요.

다음 예시는 "chrI"에서 100부터 150까지의 염기를 선택합니다.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

참고: names는 선택 사항입니다. 지정하지 않으면 모든 염색체가 반환됩니다. start와 end도 선택 사항이며, 지정하지 않으면 각각 기본값인 1과 서열 길이가 사용됩니다.

이 연습은 강의의 일부입니다

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연습 안내

  • yeastGenome 객체에서 getSeq()를 사용해 M 염색체("chrM")의 처음 30개 염기를 가져오세요.

실습형 인터랙티브 연습

이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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코드 편집 및 실행