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연습 문제

이동하면서 읽기 필터링!

파일에 있는 모든 read 중 일부에만 관심이 있다면 어떻게 할까요? 필터를 사용하면 됩니다!

예를 들어, 패턴 "ATGCA"로 시작하는 read에만 관심이 있다고 해봅시다. srFilter() 함수를 활용하면, 작은 필터링 함수로 이 작업을 처리할 수 있어요:

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

이 함수는 이미 만들어 두었으며, ShortRead에서 파생된 객체를 입력으로 받아 패턴 "ATGCA"로 시작하는 read만 출력합니다. 이제 이 함수를 실제로 사용해 볼까요!

지침 1/2

undefined XP
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  • fqsample의 클래스를 확인하세요.
  • fqsample에 필터 myStartFilter()를 적용하고 결과를 selectedReads에 저장하세요.
  • selectedReads의 클래스를 확인하세요.