이동하면서 읽기 필터링!
파일에 있는 모든 read 중 일부에만 관심이 있다면 어떻게 할까요? 필터를 사용하면 됩니다!
예를 들어, 패턴 "ATGCA"로 시작하는 read에만 관심이 있다고 해봅시다. srFilter() 함수를 활용하면, 작은 필터링 함수로 이 작업을 처리할 수 있어요:
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
이 함수는 이미 만들어 두었으며, ShortRead에서 파생된 객체를 입력으로 받아 패턴 "ATGCA"로 시작하는 read만 출력합니다. 이제 이 함수를 실제로 사용해 볼까요!
이 연습은 강의의 일부입니다
R로 시작하는 Bioconductor
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___