전사체는 몇 개일까요?
영상에서 관심 유전자의 한 전사체에 있는 엑손 길이를 구했던 것을 기억하시나요? 이제는 ABCD1 유전자가 전사체를 몇 개 가지고 있는지 직접 찾아보세요. 아래를 사용하면 됩니다:
transcriptsBy(x, by = "gene")
유전자별 모든 전사체를 얻은 뒤에는 id로 원하는 유전자를 선택할 수 있어요. ABCD1의 유전자 id는 215입니다. 특정 유전자의 정보를 선택할 때는 유전자 id를 백틱으로 감싸면 편리해요. 예를 들어 transcripts$`215`처럼요.
이 연습은 강의의 일부입니다
R로 시작하는 Bioconductor
연습 안내
- 사람 전사체 DB를
hg로 로드하세요. seqlevels()를 사용해 X 염색체로 미리 필터링하세요.hg에서"gene"기준으로 모든 전사체를 가져와hg_chrXt에 저장하고 출력하세요.$를 사용해hg_chrXt에서 유전자`215`를 선택하세요.
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___
# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)
# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt
# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___