이제 서열의 알파벳을 확인하는 방법을 알았으니, zikaVirus 객체의 컨테이너 클래스가 무엇인지 확인해 볼까요?
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이 연습은 강의의 일부입니다
이론을 실습으로 바꾸는 인터랙티브 연습 중 하나를 만나보세요
이 장에서는 Bioconductor를 직접 다뤄 보겠습니다. Bioconductor는 R 커뮤니티가 개발·유지하는 바이오인포매틱스 소프트웨어의 특화 저장소입니다. Bioconductor 패키지를 설치하고 사용하는 방법을 배우게 됩니다. 또한, Bioconductor의 대부분 패키지가 S4를 상속하므로 S4 객체와 함수도 함께 소개해요. 더불어 곰팡이의 실제 유전체 데이터셋을 사용해 BSgenome 패키지를 탐색해 봅니다.
Biostrings는 메모리 효율적인 문자열 컨테이너입니다. Biostrings는 대규모 생물학적 서열이나 서열 집합을 빠르게 다룰 수 있도록 매칭 알고리즘과 다양한 유틸리티를 제공합니다. 내 서열에 맞는 올바른 컨테이너를 사용하면 얼마나 효율이 좋아질까요? 바이러스의 작은 유전체를 이용해 알파벳과 서열 조작 방법을 익히게 됩니다.
현재 연습
IRanges와 GenomicRanges 패키지는 유전체 상의 구간과 그에 정의된 변수를 저장하고 조작하기 위한 컨테이너입니다. 이 패키지들은 풍부한 기능 덕분에 많은 Bioconductor 패키지의 기반 인프라와 지원을 제공합니다. 이 컨테이너와 연관된 메타데이터를 활용해 서열을 조작하는 방법을 배우게 됩니다. 이번에 살펴볼 데이터셋은 인간 유전체에서 관심 유전자에 해당하는 특별한 예시입니다.
ShortRead는 fasta와 fastq 파일을 입력, 조작, 평가하기 위한 패키지입니다. 관심 있는 서열을 서브셋팅하고, 트리밍하고, 필터링할 수 있으며, 품질 보고서까지 생성할 수 있어요. 마지막 연습 문제에서는 병렬 품질 평가를 위한 도구도 함께 다루는데요, 바로 Rqc입니다. 게다가 식물 유전체 서열을 직접 사용해 보게 됩니다!
