더 많은 필터링!
아주 좋아요! 이제 읽기(read) 필터링을 연습해 보셨으니, 이번에는 polynFilter() 함수를 사용해 볼게요. 이 함수는 동일한 뉴클레오타이드가 주어진 개수 미만으로 반복되는 읽기만 선택합니다. 예를 들어, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A"))는 A가 20개 미만인 모든 읽기를 선택해요. 매개변수 nuc는 뉴클레오타이드를 나타내는 IUPAC 기호의 문자 벡터이거나, 뉴클레오타이드가 아닌 모든 기호를 포함하려면 "other" 값을 사용할 수 있어요.
fqsample 객체가 작업 공간에 준비되어 있습니다.
이 연습은 강의의 일부입니다
R로 시작하는 Bioconductor
실습형 인터랙티브 연습
이 예제를 이 샘플 코드를 완성하여 풀어보세요.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil