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더 많은 필터링!

아주 좋아요! 이제 읽기(read) 필터링을 연습해 보셨으니, 이번에는 polynFilter() 함수를 사용해 볼게요. 이 함수는 동일한 뉴클레오타이드가 주어진 개수 미만으로 반복되는 읽기만 선택합니다. 예를 들어, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A"))는 A가 20개 미만인 모든 읽기를 선택해요. 매개변수 nuc는 뉴클레오타이드를 나타내는 IUPAC 기호의 문자 벡터이거나, 뉴클레오타이드가 아닌 모든 기호를 포함하려면 "other" 값을 사용할 수 있어요.

fqsample 객체가 작업 공간에 준비되어 있습니다.

คำแนะนำ 1 / 3

undefined XP
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  • ShortRead 객체 fqsample에서 알맞은 함수를 사용해 서열을 추출하세요.
  • 다음 매개변수로 polynFilter를 사용해 myFil이라는 필터를 만드세요:
    • threshold는 뉴클레오타이드 3개
    • 문자 벡터 nuc는 "A"
  • 새로 만든 필터를 콘솔에 출력해 확인하세요.