Alignements des lectures

Dans le flux de travail d'analyse RNA-Seq, nous recevons les fichiers de séquençage FASTQ bruts de la plateforme de séquençage. Nous évaluons la qualité des lectures de séquence pour chaque échantillon, puis nous déterminons d'où dans le génome proviennent les lectures en effectuant un alignement. Nous utiliserons l'information sur l'endroit où les lectures s'alignent pour générer la matrice de dénombrement, qui servira de point de départ à l'analyse d'expression différentielle. Qu'est-ce qui a été quantifié pour générer la matrice de dénombrement?