Créer l'objet DE
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À partir de nos échantillons en surexpression de smoc2, créez l'objet DESeq2 de façon à ce que la formule de plan expérimental spécifie la comparaison des différences d'expression entre les échantillons fibrose et normaux. Les métadonnées de l'expérience sont affichées ci-dessous. Nous avons lu les données avec les échantillons dans le même ordre pour les comptes bruts smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, et les métadonnées, smoc2_metadata.
Cette activité fait partie du cours
RNA-Seq avec Bioconductor dans R
Instructions de l’exercice
Créez un objet DESeq2 nommé
dds_smoc2à l'aide de la fonctionDESeqDataSetFromMatrix()en précisant les arguments :countData,colDataetdesign.Exécutez la fonction
DESeq()pour estimer les facteurs d'échelle, calculer les dispersions et effectuer l'ajustement du modèle ainsi que les tests.
Exercice interactif pratique
Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)