Modèle DESeq2 - extraction des résultats

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Après avoir examiné les dispersions et établi que les données s'ajustent bien au modèle DESeq2, nous voulons extraire les résultats.

Supposez que toutes les étapes précédentes ont été exécutées, y compris la création de l'objet DESeq2, dds_smoc2, et l'exécution de la fonction DESeq().

Cette activité fait partie du cours

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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Instructions de l’exercice

Utilisez la fonction results() pour préciser le contraste de la comparaison avec un alpha de 0.05. Pour la condition d'intérêt, condition, produisez les résultats pour le groupe d'échantillons fibrosis par rapport au groupe d'échantillons normal, de sorte que le groupe normal soit le niveau de base.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)

Modifier et exécuter le code