Résultats DESeq2 - Réduction des LFC

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Pour améliorer les estimations de variation de repli de nos données, nous voulons prendre nos résultats et réduire les log2 fold changes à l'aide de la fonction lfcShrink().

Supposez que toutes les étapes préalables ont été effectuées, y compris la création de l'objet DESeq2, dds_smoc2, l'exécution de la fonction DESeq() et l'extraction des résultats, smoc2_res.

Cette activité fait partie du cours

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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Instructions de l’exercice

Effectuez la réduction des log2 fold changes à l'aide de la fonction lfcShrink().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Modifier et exécuter le code