Normalisation des décomptes avec DESeq2

Nous avons créé l'objet DESeq2 et souhaitons maintenant effectuer un contrôle de qualité de nos échantillons. Pour cela, nous devons générer les décomptes normalisés (normalisés pour la taille de la bibliothèque, c'est-à-dire le nombre total de décomptes de gènes par échantillon, tout en tenant compte de la composition de la bibliothèque). Pour obtenir les décomptes normalisés, utilisez l'objet DESeq2 et générez la matrice de décomptes normalisés.

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RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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Instructions de l’exercice

Estimez les facteurs de taille pour les données de décomptes smoc2 à l'aide de la fonction estimateSizeFactors() et enregistrez-les dans l'objet dds_smoc2.
Extrayez les valeurs de décomptes normalisés de dds_smoc2 et enregistrez-les sous smoc2_normalized_counts à l'aide de la fonction counts().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Modifier et exécuter le code