Analyse DE RNA-Seq – planification expérimentale

Une bonne planification expérimentale est essentielle pour réussir une analyse d'expression différentielle RNA-Seq. Pour éviter les effets de lot et bien séparer nos sources connues de variation entre les groupes d'échantillons, nous allons choisir la meilleure façon de regrouper en lots les échantillons pour notre expérience RNA-Seq planifiée.

Nos métadonnées contiennent des informations sur nos échantillons, dont :

• sample : nom de l'échantillon
• treatment : A ou B
• sex : M ou F
• replicate : 1, 2, 3, 4

En raison de la durée de l'extraction des tissus, vous ne pouvez isoler l'ARN que de 4 échantillons à la fois, et nous avons 4 réplicats biologiques par groupe. Laquelle des options suivantes propose la meilleure façon de regrouper les échantillons pour RNA Isolation afin d'éviter les effets de lot :

• Option A :

• Option B :

• Option C :

• Option D :