Résultats significatifs avec DESeq2

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Passons maintenant à l'extraction des résultats significatifs ! Supposons que nous ayons déjà extrait les résultats à partir de l'exercice précédent, smoc2_res.

Cette activité fait partie du cours

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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Instructions de l’exercice

Enregistrez les résultats, smoc2_res, sous forme de tableau de données en appliquant la fonction data.frame() à l'objet de résultats.
Extrayez les gènes significatifs dont la valeur p ajustée est inférieure à 0,05 (la valeur alpha) à l'aide de la fonction subset().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)

# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)

Modifier et exécuter le code