Counts mit DESeq2 normalisieren

Wir haben das DESeq2-Objekt erstellt und möchten nun eine Qualitätskontrolle unserer Proben durchführen. Dafür brauchen wir normalisierte Counts (normalisiert auf die Bibliotheksgröße, also die Gesamtzahl der Gen-Counts pro Probe, unter Berücksichtigung der Bibliothekszusammensetzung). Um die normalisierten Counts zu erhalten, verwende das DESeq2-Objekt und erzeuge die Matrix der normalisierten Counts.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>RNA-Seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Schätze die Size Factors für die smoc2-Count-Daten mit der Funktion estimateSizeFactors() und speichere sie zurück im Objekt dds_smoc2.
Extrahiere die normalisierten Count-Werte aus dds_smoc2 und speichere sie als smoc2_normalized_counts mit der Funktion counts().

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Code bearbeiten und ausführen