Signifikante Ergebnisse mit DESeq2

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Jetzt lass uns die signifikanten Ergebnisse extrahieren! Gehe davon aus, dass wir die Ergebnisse aus der vorherigen Übung bereits extrahiert haben: smoc2_res.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>RNA-Seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Speichere die Ergebnisse smoc2_res als Data Frame, indem du die Funktion data.frame() auf das Ergebnisobjekt anwendest.
Extrahiere die signifikanten Gene mit p-adjustierten Werten kleiner als 0,05 (dem Alpha-Wert) mit der Funktion subset().

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)

# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)

Code bearbeiten und ausführen