DESeq2-Ergebnisse – LFC-Schrumpfung

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Um die Fold-Change-Schätzungen für unsere Daten zu verbessern, wollen wir unsere Ergebnisse nehmen und die log2-Fold-Changes mit der Funktion lfcShrink() schrumpfen.

Gehe davon aus, dass alle vorherigen Schritte ausgeführt wurden, einschließlich der Erstellung des DESeq2-Objekts dds_smoc2, dem Aufruf der Funktion DESeq() und dem Extrahieren der Ergebnisse smoc2_res.

Diese Übung ist Teil des Kurses

RNA-Seq mit Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

Führe die Schrumpfung der log2-Fold-Changes mit der Funktion lfcShrink() durch.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Code bearbeiten und ausführen