Erstellen des DE-Objekts

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Nutze unsere smoc2-Überexpressionsproben und erstelle das DESeq2-Objekt so, dass die Design-Formel den Vergleich der Expressionsunterschiede zwischen Fibrose- und Normalproben angibt. Die Metadaten für das Experiment sind unten dargestellt. Wir haben die Daten so eingelesen, dass die Proben in derselben Reihenfolge vorliegen wie in den smoc2-Rohzählungen, reordered_smoc2_rawcounts, und in den Metadaten, smoc2_metadata.

smoc2 metadata

Diese Übung ist Teil des Kurses

RNA-Seq mit Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

Erstelle ein DESeq2-Objekt namens dds_smoc2 mit der Funktion DESeqDataSetFromMatrix() und gib die Argumente countData, colData und design an.
Führe die Funktion DESeq() aus, um die Size-Faktoren zu schätzen, die Dispersionswerte zu berechnen sowie Modellanpassung und Tests durchzuführen.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
                 ___ = ___,
                 ___ = ~ condition)

# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)

Code bearbeiten und ausführen