RNA-Seq DE-Analyse – Versuchsplanung
Der Schlüssel zu einer erfolgreichen RNA-Seq-Differential-Expressionsanalyse ist eine gute Versuchsplanung. Um Batch-Effekte zu vermeiden und bekannte Quellen der Variation zwischen Probengruppen zu trennen, wählen wir die beste Art, die Proben für unser geplantes RNA-Seq-Experiment zu bündeln.
Unsere Metadaten enthalten Informationen über unsere Proben, darunter:
- sample: Name der Probe
- treatment: A oder B
- sex: M oder F
- replicate: 1, 2, 3, 4
Aufgrund des zeitaufwändigen Gewebeextraktionsprozesses kannst du RNA nur aus 4 Proben gleichzeitig isolieren, und wir haben 4 biologische Replikate pro Gruppe. Welche der folgenden Optionen ist die beste Art, die Proben für die RNA Isolation zu bündeln, um Batch-Effekte zu vermeiden:
- Option A:
- Option B:
- Option C:
- Option D:
Diese Übung ist Teil des Kurses
RNA-Seq mit Bioconductor in R
Interaktive Übung
In dieser interaktiven Übung kannst du die Theorie in die Praxis umsetzen.
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