DESeq2-Modell – Ergebnisse extrahieren

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Nachdem du die Dispersionen untersucht und entschieden hast, dass die Daten gut zum DESeq2-Modell passen, möchten wir die Ergebnisse extrahieren.

Gehe davon aus, dass alle vorherigen Schritte ausgeführt wurden, einschließlich der Erstellung des DESeq2-Objekts dds_smoc2 und dem Aufruf der Funktion DESeq().

Diese Übung ist Teil des Kurses

RNA-Seq mit Bioconductor in R

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Anleitung zur Übung

Verwende die Funktion results(), um den Kontrast für den Vergleich mit einem Alpha von 0.05 anzugeben. Für die relevante Bedingung condition gib die Ergebnisse für die Proben-Gruppe fibrosis relativ zur Proben-Gruppe normal aus, sodass die Proben-Gruppe normal das Basislevel ist.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)

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