Căn chỉnh read

Trong quy trình phân tích RNA-Seq, chúng ta nhận các tệp FASTQ thô từ cơ sở giải trình tự. Ta đánh giá chất lượng các read cho từng mẫu, rồi xác định vị trí trên bộ gen mà các read bắt nguồn bằng cách căn chỉnh. Ta sẽ dùng thông tin về vị trí căn chỉnh của read để tạo ma trận đếm, và đây sẽ là điểm bắt đầu cho phân tích biểu hiện khác biệt. Đại lượng nào đã được định lượng để tạo ra ma trận đếm?