Phân tích DE cho RNA-Seq - lập kế hoạch thí nghiệm

Yếu tố then chốt để phân tích biểu hiện khác biệt trong RNA-Seq thành công là lập kế hoạch thí nghiệm tốt. Để tránh hiệu ứng lô (batch effect) và tách riêng các nguồn biến thiên đã biết giữa các nhóm mẫu, bạn sẽ chọn cách chia lô mẫu tối ưu cho thí nghiệm RNA-Seq dự kiến.

Metadata của chúng ta có thông tin về các mẫu, gồm:

• sample: tên mẫu
• treatment: A hoặc B
• sex: M hoặc F
• replicate: 1, 2, 3, 4

Vì quá trình tách mô khá dài, bạn chỉ có thể tách RNA từ 4 mẫu cùng lúc, và mỗi nhóm có 4 mẫu lặp sinh học. Phương án nào dưới đây là cách chia lô tốt nhất cho bước RNA Isolation để tránh hiệu ứng lô:

• Option A:

• Option B:

• Option C:

• Option D: