Chuẩn hóa số đếm với DESeq2
Chúng ta đã tạo đối tượng DESeq2 và giờ muốn thực hiện kiểm soát chất lượng cho các mẫu. Vì vậy, bạn cần tạo ra số đếm đã chuẩn hóa (chuẩn hóa theo kích thước thư viện, tức tổng số lần đếm gene trên mỗi mẫu, đồng thời xét đến thành phần thư viện). Để lấy số đếm đã chuẩn hóa, hãy dùng đối tượng DESeq2 và tạo ma trận số đếm đã chuẩn hóa.
Bài tập này là một phần của khóa học
RNA-Seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
Ước tính các hệ số kích thước cho dữ liệu số đếm smoc2 bằng hàm
estimateSizeFactors()và lưu lại vào đối tượngdds_smoc2Trích xuất các giá trị số đếm đã chuẩn hóa từ
dds_smoc2và lưu thànhsmoc2_normalized_countsbằng hàmcounts().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)