Kết quả có ý nghĩa thống kê của DESeq2
LƯU Ý: Tải bài tập này có thể mất nhiều thời gian hơn một chút.
Giờ hãy trích xuất các kết quả có ý nghĩa thống kê! Giả sử bạn đã có kết quả từ bài trước, smoc2_res.
Bài tập này là một phần của khóa học
RNA-Seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
Lưu kết quả
smoc2_resthành một data frame bằng cách dùng hàmdata.frame()trên đối tượng kết quả.Trích xuất các gene có ý nghĩa thống kê với giá trị p đã hiệu chỉnh nhỏ hơn 0.05 (giá trị alpha) bằng hàm
subset().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Save results as a data frame
smoc2_res_all <- ___(___)
# Subset the results to only return the significant genes with p-adjusted values less than 0.05
smoc2_res_sig <- ___(___, ___ < ___)