Mô hình DESeq2 - trích xuất kết quả

LƯU Ý: Tải bài tập này có thể mất thêm một chút thời gian.

Sau khi khám phá độ phân tán và xác định rằng dữ liệu phù hợp tốt với mô hình DESeq2, chúng ta muốn trích xuất kết quả.

Giả sử tất cả các bước trước đó đã được thực hiện, bao gồm việc tạo đối tượng DESeq2, dds_smoc2, và chạy hàm DESeq().

Bài tập này là một phần của khóa học

RNA-Seq với Bioconductor trong R

Dùng hàm results() để chỉ định phép tương phản cho so sánh với alpha là 0.05. Với điều kiện quan tâm, condition, hãy xuất kết quả cho nhóm mẫu fibrosis so với nhóm mẫu normal, sao cho nhóm mẫu normal là mức gốc (base level).

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)