Tạo đối tượng DE
LƯU Ý: Tải Bài tập này có thể mất thêm một chút thời gian.
Với các mẫu overexpression của smoc2, hãy tạo đối tượng DESeq2 sao cho công thức thiết kế chỉ định phép so sánh khác biệt biểu hiện giữa các mẫu fibrosis và normal. Siêu dữ liệu cho thí nghiệm được hiển thị bên dưới. Chúng tôi đã đọc dữ liệu theo cùng một thứ tự cho số đếm thô của smoc2, reordered_smoc2_rawcounts, và siêu dữ liệu, smoc2_metadata.
Bài tập này là một phần của khóa học
RNA-Seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
Tạo một đối tượng DESeq2 tên
dds_smoc2bằng hàmDESeqDataSetFromMatrix()với các đối số:countData,colData, vàdesign.Chạy hàm
DESeq()để ước lượng size factors, tính dispersion, và thực hiện fitting mô hình cũng như kiểm định.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)