Kết quả DESeq2 - Thu nhỏ LFC
LƯU Ý: Tải bài tập này có thể mất nhiều thời gian hơn một chút.
Để cải thiện ước lượng độ thay đổi gấp bội cho dữ liệu, bạn sẽ lấy kết quả hiện có và thu nhỏ log2 fold change bằng hàm lfcShrink().
Giả sử mọi bước trước đó đã được thực hiện, bao gồm tạo đối tượng DESeq2, dds_smoc2, chạy hàm DESeq(), và trích xuất kết quả, smoc2_res.
Bài tập này là một phần của khóa học
RNA-Seq với Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Thực hiện thu nhỏ các log2 fold change bằng hàm
lfcShrink().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)