DESeq2 ile sayımları normalleştirme
DESeq2 nesnesini oluşturduk ve şimdi örneklerimiz üzerinde kalite kontrol yapmak istiyoruz. Bu nedenle normalize edilmiş sayımları üretmemiz gerekiyor (kütüphane boyutuna göre normalize edilmiş; yani her örnek için toplam gen sayımı dikkate alınarak ve kütüphane bileşimi hesaba katılarak). Normalize edilmiş sayımları elde etmek için DESeq2 nesnesini kullan ve normalize sayım matrisini üret.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq
Egzersiz talimatları
estimateSizeFactors()fonksiyonunu kullanarak smoc2 sayım verileri için boyut faktörlerini tahmin et ve sonucudds_smoc2nesnesine geri kaydetdds_smoc2içinden normalize edilmiş sayım değerlerinicounts()fonksiyonu ile çıkar vesmoc2_normalized_countsolarak kaydet.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)