DESeq2 görselleştirmeleri - ısı haritası

NOT: Bu egzersizin yüklenmesi biraz daha uzun sürebilir.

Görselleştirmeler, anlamlı genleri daha ayrıntılı incelemekte de yardımcı olabilir. İfade ısı haritası, tüm anlamlı genlerin ifadesinin örnek grupları arasında ne kadar farklı olduğuna bakmak için yararlıdır; ifade grafiği ise en anlamlı genlere odaklanabilir ya da ilgilendiğin tekil genleri seçerek örnek grupları arasındaki ifade düzeylerini inceleyebilirsin.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Kursa Göz Atın

Egzersiz talimatları

Normalize sayımları yalnızca anlamlı genleri içerecek şekilde alt kümeye ayır. Anlamlı sonuçların satır adlarını, smoc2_res_sig, kullanarak normalize sayımları (normalized_counts_smoc2) alt kümeye ayır.
Isı haritasını sig_norm_counts_smoc2 ile oluştur. Isı haritasını heat_colors paletiyle renklendir, satırları kümele ancak satır adlarını gösterme ve değerleri "row" bazında ölçekle. Açıklama (annotation) için, smoc2_metadata içinden yalnızca condition sütununu seçmek üzere select() kullan.

Uygulamalı etkileşimli egzersiz

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Subset normalized counts to significant genes
sig_norm_counts_smoc2 <- ___[___(___), ]

# Choose heatmap color palette
heat_colors <- brewer.pal(n = 6, name = "YlOrRd")

# Plot heatmap
pheatmap(___, 
         color = ___, 
         cluster_rows = ___, 
         show_rownames = ___,
         annotation = ___(___, ___), 
         scale = ___)

Kodu Düzenle ve Çalıştır