DESeq2 sonuçları - LFC küçültme
NOT: Bu egzersizin yüklenmesi biraz daha uzun sürebilir.
Verimizdeki kat değişimi tahminlerini iyileştirmek için, sonuçlarımızı alıp lfcShrink() fonksiyonunu kullanarak log2 kat değişimlerini küçültmek istiyoruz.
DESeq2 nesnesi dds_smoc2'nin oluşturulması, DESeq() fonksiyonunun çalıştırılması ve sonuçların smoc2_res olarak çıkarılması dahil önceki tüm adımların gerçekleştirildiğini varsay.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq
Egzersiz talimatları
lfcShrink()fonksiyonunu kullanarak log2 kat değişimlerinin küçültmesini yap.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___,
contrast = c(___, ___, ___),
res = ___)