DESeq2 modeli - sonuçların çıkarılması

NOT: Bu egzersizin yüklenmesi biraz daha uzun sürebilir.

Saçılmaları (dispersion) inceledikten ve verinin DESeq2 modeline iyi uyduğuna karar verdikten sonra sonuçları çıkarmak istiyoruz.

DESeq2 nesnesi dds_smoc2'nin oluşturulması ve DESeq() fonksiyonunun çalıştırılması dahil, önceki tüm adımların uygulandığını varsay.

Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır

R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq

Karşılaştırma için results() fonksiyonunu kullanarak alfa değerini 0.05 olarak ayarla. İlgi koşulu olan condition için, normal örnek grubunu temel seviye olacak şekilde belirleyerek, sonuçları normal örnek grubuna göre fibrosis örnek grubu için üret.

Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)