RNA-Seq DE analizi - deneysel planlama

Başarılı bir RNA-Seq diferansiyel ifade analizi için iyi bir deneysel planlama şarttır. Parti (batch) etkilerinden kaçınmayı ve bilinen varyasyon kaynaklarını örnek grupları arasında ayırmayı düşünmene yardımcı olmak için, planladığımız RNA-Seq deneyi için örnekleri gruplandırmanın (batching) en iyi yolunu seçeceğiz.

Metaverimiz, örneklerimiz hakkında şu bilgileri içeriyor:

• sample: örnek adı
• treatment: A veya B
• sex: M veya F
• replicate: 1, 2, 3, 4

Doku ekstraksiyonu süreci uzun sürdüğü için, aynı anda yalnızca 4 örnekten RNA izole edebilirsin ve her grup için 4 biyolojik tekrarımız var. Aşağıdakilerden hangisi, parti etkilerinden kaçınmak için RNA Isolation sırasında örnekleri gruplandırmanın en iyi yolunu verir:

• Seçenek A:

• Seçenek B:

• Seçenek C:

• Seçenek D: