DE nesnesini oluşturma
NOT: Bu egzersizin yüklenmesi biraz daha uzun sürebilir.
smoc2 aşırı eksprese edilmiş örneklerimizi kullanarak, tasarım formülü fibrozu ve normal örnekler arasındaki ifade farklarını karşılaştıracak şekilde DESeq2 nesnesini oluştur. Deneye ait metadata aşağıda gösteriliyor. Verileri, smoc2 ham sayımları reordered_smoc2_rawcounts ve metadata smoc2_metadata için örneklerin aynı sırada olacak şekilde içeri aktardık.
Bu egzersiz, kursun bir parçasıdır
R ile Bioconductor kullanarak RNA-Seq
Egzersiz talimatları
DESeqDataSetFromMatrix()fonksiyonunu kullanarak,countData,colDatavedesignargümanlarını belirterekdds_smoc2adlı bir DESeq2 nesnesi oluştur.Boyut faktörlerini kestirmek, yayılım (dispersion) değerlerini hesaplamak ve model kurma ile test etme adımlarını gerçekleştirmek için
DESeq()fonksiyonunu çalıştır.
Uygulamalı etkileşimli egzersiz
Bu egzersizi bu örnek kodu tamamlayarak deneyin.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)