Выравнивание ридов

В рамках рабочего процесса анализа RNA-Seq мы получаем исходные файлы секвенирования в формате FASTQ от секвенирующего центра. Мы оцениваем качество ридов для каждого образца, а затем определяем, откуда в геноме они происходят, выполняя выравнивание. На основе информации о выравнивании ридов формируется матрица счётов, с которой начинается анализ дифференциальной экспрессии. Что именно подсчитывалось для формирования матрицы счётов?