Создание объекта для DE-анализа
ПРИМЕЧАНИЕ: Загрузка этого упражнения может занять немного больше времени.
Используя образцы со сверхэкспрессией smoc2, создайте объект DESeq2 так, чтобы формула дизайна задавала сравнение различий в экспрессии между образцами с фиброзом и нормальными образцами. Метаданные эксперимента представлены ниже. Данные уже загружены, при этом образцы расположены в одинаковом порядке — как для необработанных счётчиков smoc2 (reordered_smoc2_rawcounts), так и для метаданных (smoc2_metadata).
Это упражнение является частью курса
RNA-Seq с Bioconductor в R
Инструкции к упражнению
Создайте объект DESeq2 с именем
dds_smoc2, используя функциюDESeqDataSetFromMatrix(). Укажите следующие аргументы:countData,colDataиdesign.Запустите функцию
DESeq(), чтобы оценить размерные факторы, вычислить дисперсии, а также выполнить подгонку модели и статистическое тестирование.
Интерактивное практическое упражнение
Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.
# Create DESeq2 object
dds_smoc2 <- ___(___ = ___,
___ = ___,
___ = ~ condition)
# Run the DESeq2 analysis
___ <- ___(___)