ДЭ-анализ RNA-Seq — планирование эксперимента

Залог успешного анализа дифференциальной экспрессии RNA-Seq — грамотное планирование эксперимента. Чтобы избежать эффектов партии и правильно распределить известные источники вариации между группами образцов, выберите оптимальный способ группировки образцов для запланированного эксперимента RNA-Seq.

Метаданные содержат следующую информацию об образцах:

• sample: название образца
• treatment: A или B
• sex: M или F
• replicate: 1, 2, 3, 4

Поскольку выделение ткани — процесс длительный, за один раз вы можете изолировать РНК только из 4 образцов, а биологических реплик в каждой группе у нас 4. Какой из предложенных вариантов группировки образцов для RNA Isolation лучше всего позволяет избежать эффектов партии:

• Вариант A:

• Вариант B:

• Вариант C:

• Вариант D: