Модель DESeq2 — извлечение результатов

ПРИМЕЧАНИЕ: Загрузка этого упражнения может занять немного больше времени.

После изучения дисперсий и проверки соответствия данных модели DESeq2 можно переходить к извлечению результатов.

Предположим, что все предыдущие шаги уже выполнены: создан объект DESeq2 (dds_smoc2) и запущена функция DESeq().

Это упражнение является частью курса

RNA-Seq с Bioconductor в R

Используйте функцию results(), чтобы задать контраст для сравнения с уровнем значимости alpha, равным 0.05. Для исследуемого условия condition выведите результаты для группы образцов fibrosis относительно группы normal, установив normal в качестве базового уровня.

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Extract the results of the differential expression analysis
smoc2_res <- results(___, 
                ___ = ___, 
                alpha = ___)