Результаты DESeq2 — сжатие LFC

ПРИМЕЧАНИЕ: Загрузка этого упражнения может занять немного больше времени.

Чтобы улучшить оценки кратности изменений для наших данных, воспользуемся функцией lfcShrink() для сжатия логарифмических кратностей изменений (log2 fold changes).

Предположим, что все предыдущие шаги уже выполнены: создан объект DESeq2 dds_smoc2, запущена функция DESeq() и извлечены результаты smoc2_res.

Это упражнение является частью курса

RNA-Seq с Bioconductor в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Выполните сжатие логарифмических кратностей изменений (log2 fold changes) с помощью функции lfcShrink().

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Shrink the log2 fold change estimates to be more accurate
smoc2_res <- lfcShrink(___, 
                    contrast =  c(___, ___, ___),
                    res = ___)

Редактировать и запускать код