Нормализация счётчиков с помощью DESeq2

Объект DESeq2 уже создан, и теперь нам нужно выполнить контроль качества наших образцов. Для этого необходимо получить нормализованные значения счётчиков — нормализованные по размеру библиотеки (то есть по общему числу ридов на образец) с учётом её состава. Воспользуйтесь объектом DESeq2, чтобы получить матрицу нормализованных счётчиков.

Это упражнение является частью курса

RNA-Seq с Bioconductor в R

Посмотреть курс

Инструкции к упражнению

Оцените факторы размера для данных о количестве smoc2 с помощью функции estimateSizeFactors() и сохраните результат обратно в объект dds_smoc2
Извлеките нормализованные значения счётчиков из dds_smoc2 с помощью функции counts() и сохраните их как smoc2_normalized_counts.

Интерактивное практическое упражнение

Попробуйте выполнить это упражнение, дополнив этот пример кода.

# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)

# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)

Редактировать и запускать код