Normalizando contagens com DESeq2
Criamos o objeto do DESeq2 e agora queremos fazer o controle de qualidade das nossas amostras. Para isso, precisamos gerar as contagens normalizadas (normalizadas pelo tamanho da biblioteca, que é o número total de contagens de genes por amostra, levando em conta a composição da biblioteca). Para obter as contagens normalizadas, use o objeto do DESeq2 e gere a matriz de contagens normalizadas.
Este exercicio faz parte do curso
RNA-Seq com Bioconductor em R
Instruções do exercicio
Estime os fatores de tamanho para os dados de contagem de smoc2 usando a função
estimateSizeFactors()e salve de volta no objetodds_smoc2Extraia os valores de contagens normalizadas de
dds_smoc2e salve comosmoc2_normalized_countsusando a funçãocounts().
exercicio interativo prático
Tente este exercicio completando este código de exemplo.
# Determine the size factors to use for normalization
dds_smoc2 <- ___(___)
# Extract the normalized counts
smoc2_normalized_counts <- ___(___, ___)