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Modelo DESeq2 - explorando dispersões

OBSERVAÇÃO: Este exercício pode demorar um pouco mais para carregar.

Depois de ajustar o modelo no exercício anterior, vamos explorar o ajuste dos nossos dados de smoc2 ao modelo binomial negativo, plotando as estimativas de dispersão com a função plotDispEsts(). Lembre-se de que as estimativas de dispersão são usadas para modelar as contagens brutas; se as dispersões não seguirem as suposições feitas pelo DESeq2, a variação nos dados pode ser mal estimada e os resultados de DE podem ser menos precisos.

As suposições que o DESeq2 faz são que as dispersões geralmente devem diminuir conforme a média aumenta e que elas devem, em linhas gerais, seguir a curva ajustada.

Este exercício faz parte do curso

RNA-Seq com Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Plote as estimativas de dispersão para os dados smoc2 usando a função plotDispEsts(). Considere que todas as etapas anteriores já foram executadas, incluindo a criação do objeto DESeq2, dds_smoc2, e a execução da função DESeq().

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Plot dispersions
___(___)
Editar e executar o código