Análise de DE em RNA-Seq - planejamento experimental

A chave para uma análise de expressão diferencial em RNA-Seq bem-sucedida é um bom planejamento experimental. Para ajudar a pensar em como evitar efeitos de lote e separar nossas fontes conhecidas de variação entre os grupos de amostras, vamos escolher a melhor forma de organizar os lotes das amostras para nosso experimento de RNA-Seq planejado.

Nossos metadados contêm informações sobre as amostras, incluindo:

• sample: nome da amostra
• treatment: A ou B
• sex: M ou F
• replicate: 1, 2, 3, 4

Devido ao processo demorado de extração de tecido, você só pode isolar o RNA de 4 amostras ao mesmo tempo, e temos 4 réplicas biológicas por grupo. Qual das opções a seguir oferece a melhor forma de organizar os lotes de amostras para RNA Isolation e evitar efeitos de lote:

• Option A:

• Option B:

• Option C:

• Option D: