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Empilhar imagens

As "pilhas" de imagens são uma metáfora útil para entender dados multidimensionais. Cada dimensão superior é uma pilha de arrays de dimensão inferior.

Neste exercício, vamos usar a função stack() do NumPy para combinar vários arrays 2D em um volume 3D. Por convenção, dados volumétricos devem ser empilhados ao longo da primeira dimensão: vol[plane, row, col].

Observação: realizar qualquer operação em um objeto Image do ImageIO irá convertê-lo para um numpy.ndarray, removendo seus metadados.

Este exercicio faz parte do curso

Análise de Imagens Biomédicas em Python

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Instruções do exercicio

  • Importe imageio e numpy (como np).
  • Carregue "chest-220.dcm", "chest-221.dcm" e "chest-222.dcm".
  • Crie um volume 3D usando np.stack(). Defina o axis de empilhamento como 0.
  • Imprima o atributo shape de vol.

exercicio interativo prático

Tente este exercicio completando este código de exemplo.

# Import ImageIO and NumPy
import imageio.v2 as imageio
import ____ as ____

# Read in each 2D image
im1 = imageio.imread('chest-220.dcm')
im2 = ____
im3 = ____

# Stack images into a volume
vol = np.stack(____)
print('Volume dimensions:', ____)
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