1. Nauka
    2. /
  2. Kursy
    3. /
  3. Analiza obrazów biomedycznych w Pythonie
Connected

ćwiczenie

Segmentacja serca

W tym rozdziale będziemy pracować z danymi z badań rezonansem magnetycznym (MR) pochodzącymi z Sunnybrook Cardiac Dataset. Pełny obraz to trójwymiarowa seria czasowa obejmująca jedno uderzenie serca. Radiolodzy wykorzystują takie dane do pomiaru frakcji wyrzutowej – czyli proporcji krwi wyrzucanej z lewej komory serca podczas każdego skurczu.

Na początek wykonaj segmentację lewej komory na pojedynczym przekroju wolumenu (im). Najpierw przefiltruj obraz i zastosuj maskę, a następnie oznacz każdy obiekt funkcją ndi.label().

Ćwiczenia w tym rozdziale korzystają z następujących importów:

import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt

Instrukcje 1/2

undefined XP
    1
    2
  • Zastosuj filtr medianowy do im. Ustaw size na 3.
  • Utwórz maskę wartości większych niż 60, a następnie użyj ndi.binary_closing(), aby wypełnić w niej małe dziury.
  • Wyodrębnij oznaczoną tablicę oraz liczbę etykiet za pomocą ndi.label().