Segmentacja serca
W tym rozdziale będziemy pracować z danymi z badań rezonansem magnetycznym (MR) pochodzącymi z Sunnybrook Cardiac Dataset. Pełny obraz to trójwymiarowa seria czasowa obejmująca jedno uderzenie serca. Radiolodzy wykorzystują takie dane do pomiaru frakcji wyrzutowej – czyli proporcji krwi wyrzucanej z lewej komory serca podczas każdego skurczu.
Na początek wykonaj segmentację lewej komory na pojedynczym przekroju wolumenu (im). Najpierw przefiltruj obraz i zastosuj maskę, a następnie oznacz każdy obiekt funkcją ndi.label().
Ćwiczenia w tym rozdziale korzystają z następujących importów:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
To ćwiczenie jest częścią kursu
Analiza obrazów biomedycznych w Pythonie
Interaktywne ćwiczenie praktyczne
Spróbuj tego ćwiczenia, uzupełniając ten przykładowy kod.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)