Segmenteer het hart
In dit hoofdstuk werken we met magnetic resonance (MR)-beeldgegevens uit de Sunnybrook Cardiac Dataset. De volledige afbeelding is een 3D-tijdreeks die één hartslag beslaat. Deze gegevens worden door radiologen gebruikt om de ejectiefractie te meten: het deel van het bloed dat bij elke hartslag uit de linkerhartkamer wordt gepompt.
Om te beginnen segmenteer je de linkerhartkamer uit één slice van het volume (im). Eerst filter en maskeer je de afbeelding; daarna label je elk object met ndi.label().
De oefeningen in dit hoofdstuk gebruiken de volgende imports:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Biomedische beeldanalyse met Python
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Smooth intensity values
im_filt = ____
# Select high-intensity pixels
mask_start = np.where(____, 1, 0)
mask = ____
# Label the objects in "mask"
labels, nlabels = ____
print('Num. Labels:', ____)