Aan de slagBegin gratis

Een masker afstellen

Onvolmaakte maskers kun je bijstellen door pixels toe te voegen of weg te halen. SciPy bevat meerdere handige methoden hiervoor, waaronder:

  • binary_dilation: Pixels langs randen toevoegen
  • binary_erosion: Pixels langs randen verwijderen
  • binary_opening: Eroderen en dan dilateren, waardoor gebieden bij randen worden "geopend"
  • binary_closing: Dilateren en dan eroderen, waardoor gaten worden "opgevuld"

Maak in deze oefening eerst een botmasker en stel het daarna af zodat er extra pixels worden meegenomen.

Voor de resterende oefeningen hebben we de volgende import al voor je uitgevoerd:

import scipy.ndimage as ndi

Deze oefening maakt deel uit van de cursus

Biomedische beeldanalyse met Python

Bekijk cursus

Oefeninstructies

  • Maak een botmasker door pixels uit im te selecteren die groter dan of gelijk aan 145 zijn.
  • Gebruik ndi.binary_dilation() om mask_bone te vergroten. Stel iterations in op 5 om de dilatie meerdere keren uit te voeren.
  • Gebruik ndi.binary_closing() om gaten in mask_bone op te vullen. Stel iterations in op 5 om gaten tot 10 pixels breed te vullen.
  • Plot het oorspronkelijke en het bijgestelde masker.

Interactieve oefening met praktijkervaring

Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.

# Create and tune bone mask
mask_bone = ____
mask_dilate = ndi.binary_dilation(____, ____)
mask_closed = ____

# Plot masked images
fig, axes = plt.subplots(1,3)
axes[0].imshow(mask_bone)
axes[1].imshow(mask_dilate)
____
format_and_render_plot()
Code bewerken en uitvoeren