Translaties
In dit hoofdstuk gebruiken we gegevens uit de Open Access Series of Imaging Studies om de hersenen van verschillende groepen te vergelijken: jong en oud, man en vrouw, gezond en ziek.
Begin met het centreren van één slice van een 3D-hersenvolume (im). Zoek eerst het middelpunt in de afbeeldingsarray en het massamiddelpunt van de hersenen. Vertaal (schuif) de afbeelding vervolgens naar het midden.
Alle oefeningen in dit hoofdstuk hebben de volgende imports:
import imageio.v2 as imageio
import numpy as np
import scipy.ndimage as ndi
import matplotlib.pyplot as plt
Deze oefening maakt deel uit van de cursus
Biomedische beeldanalyse met Python
Interactieve oefening met praktijkervaring
Probeer deze oefening door deze voorbeeldcode aan te vullen.
# Find image center of mass
com = ____
# Calculate amount of shift needed
d0 = 128 - _____
d1 = ____
# Translate the brain towards the center
xfm = ndi.shift(____, shift=____)