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Test par permutation : type sauvage vs hétérozygote

Testez, à l’aide d’un test par permutation, l’hypothèse selon laquelle les durées de séquence des hétérozygotes et du type sauvage suivent la même distribution.

Cet exercice fait partie du cours

<cours>Études de cas en pensée statistique</cours>
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Instructions de l’exercice

  • Calculez la différence des moyennes (hétérozygote moins type sauvage) des jeux de données réels et stockez le résultat dans la variable diff_means_exp. Les tableaux numpy bout_lengths_wt et bout_lengths_het sont déjà disponibles dans votre espace de travail.
  • Générez 10 000 réplicats par permutation de la différence des moyennes en utilisant dcst.draw_perm_reps(). Vous pouvez également utiliser la fonction dcst.diff_of_means() et stocker le résultat dans perm_reps.
  • Calculez la p-value, en définissant « au moins aussi extrême que » comme le fait que la différence des moyennes sous l’hypothèse nulle soit supérieure ou égale à celle observée expérimentalement.
  • Affichez la p-value à l’écran.

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Compute the difference of means: diff_means_exp
diff_means_exp = ____ - ____

# Draw permutation replicates: perm_reps
perm_reps = ____(____, ____, 
                               ____, size=____)

# Compute the p-value: p-val
p_val = ____(____ >= ____) / len(____)

# Print the result
print('p =', p_val)
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