Calculer un modèle de Weibull

Pour un modèle de Weibull avec covariables, on peut calculer la courbe de survie comme pour le modèle de Weibull sans covariables. Il suffit de préciser les valeurs des covariables pour une courbe de survie donnée dans la fonction predict(). Cela se fait avec l'argument newdata.

Cette activité fait partie du cours

Analyse de survie avec R

Voir le cours

Instructions de l’exercice

Calculez un modèle de Weibull pour l'ensemble de données GBSG2 avec la covariable horTh afin d'analyser l'effet de l'hormonothérapie sur la survie des patientes.
Calculez la courbe de survie pour les patientes qui reçoivent une hormonothérapie.
Examinez la courbe de survie avec str().

Exercice interactif pratique

Essayez cet exercice en complétant ce code d’exemple.

# Weibull model
wbmod <- survreg(Surv(___, ___) ~ ___, data = GBSG2)
coef(wbmod)

# Retrieve survival curve from model
surv <- seq(.99, .01, by = -.01)
t_yes <- predict(___, type = "quantile", p = ___,
  newdata = data.frame(horTh = ___))

# Take a look at survival curve
str(t_yes)

Modifier et exécuter le code